Fig. 1: Foglio di erbario tratto dal volume XII del Hortus Siccus di Aldrovandi conservato presso l'Erbario dell'Università di Bologna. (Credit: Sistema Museale D'Ateneo - Università di Bologna)

Per l'anno accademico 1553-1554 gli fu offerta la cattedra di Logica, ma lui non l'accettò per poter esercitarsi "leggendo in casa logica tutto quell'anno".
Il suo insegnamento all'ateneo di Bologna iniziò solo l'anno successivo. Nell'anno seguente gli venne assegnata la cattedra di filosofia e nel 1556 iniziò a tenere gratuitamente anche le lezioni del corso straordinario di "Lettura dei Semplici", ovvero lo studio delle piante officinali dalle quali si estraevano gli elementi "semplici" da miscelare nella preparazione di medicinali "compositi".

Nel 1561 gli studenti di quest'ultimo corso chiesero che "questa lettura per l'utilità grande che portava al Studio fusse fatta ordinaria". Il 22 febbraio dello stesso anno, in corso di anno accademico, Ulisse Aldrovandi inaugurò così la prima cattedra ordinaria di Scienze Naturali dell'Ateneo Bolognese con il nome di Lectura philosophiae naturalis ordinaria de fossilibus, plantis et animalibus.

Parallelamente alla sua attività di docenza all'Accademia egli spinto dal suo forte spirito indagatore, portò avanti un'intensa attività empirica, e prese parte attivamente al dibattito in atto sullo studio delle cose naturali, che si incentrava in particolare sull'interpretazione Avverroistica degli scritti Aristotelici, interpretazione che palesava la necessità dello studio della natura "juxta propria principia" cioè senza condizionamenti metafisici o religiosi. Aderendo pienamente a questo nuovo modo di rapportarsi con le "cose naturali" egli dedicò molto del suo tempo all'organizzazione di viaggi ed escursioni che da un lato gli permettevano di raccogliere materiali per il suo erbario e per il suo museo e dall'altro lo portavano a far visita ad esperti e studiosi delle scienze naturali del tempo per avere con loro un attivo scambio di conoscenze.

Dal 1567 egli fece seguire alle sue lezioni teoriche un'esercitazione nella quale mostrava realmente ai suoi studenti ciò che aveva spiegato loro durante la lezione. Si faceva quindi sempre più importante l'esigenza di poter disporre di un Orto Botanico Pubblico dove poter coltivare e raccogliere le piante necessarie alle esercitazioni. Ad Aldrovandi riuscì quanto non era riuscito a Luca Ghini, medico ed eminente botanico cinquecentesco suo predecessore alla cattedra straordinaria di Lettura dei Semplici: su sua proposta il Senato bolognese istituì nel 1568 l'Orto Pubblico, che fu diretto per i suoi primi 38 anni dall'Aldrovandi stesso. La prima sede dell'Orto fu nel centro della città, all'interno del Palazzo Pubblico, in un cortile che oggi corrisponde approssimativamente alla Sala Borsa e che si trovava vicino all’aula dove Aldrovandi impartiva le sue lezioni.

Fig. 2: Palazzo del comune di Bologna, incisione in rame, 1757. (Credit: Bologna racconta)