Marcello Malpighi nacque a Crevalcore alle porte di Bologna il 10 marzo 1628.

Nel gennaio del 1646 s'iscrisse allo Studium di Bologna.
Il giovane Malpighi non sembra aver mostrato una precoce vocazione per gli studi.
La sua vita spensierata si spezzò quando nel 1649 morirono entrambi i genitori e il nonno paterno.

Da primogenito Malpighi doveva occuparsi dei suoi otto fratelli; decise così di diventare medico. Si appassionò all'anatomia e frequentò il "Coro anatomico", un'accademia fondata da Bartolomeo Massari che si era dedicata alla dissezione di animali e, se disponibili, di cadaveri umani.
In quegli anni, però, lo Studium di Bologna era entrato in un'età grigia e nella medicina bolognese, nonostante la tradizione anatomica risalente a Mondino de' Liuzzi, Andrea Vesalio e Giulio Cesare Aranzio, l'autorità antica di Galeno era tuttora saldamente ancorata.
Le attività del Coro provocarono l'animosità di quasi l'intero corpo accademico. Avversari particolarmente accaniti furono Paolo Mini e Ovidio Montalbani. Il primo proclamò che lo studio degli antichi scritti di Galeno rendeva inutile qualsiasi dissezione, il secondo fece valere la sua autorità per introdurre nell'esame di dottorato una severa prova di fede alla medicina galenica.
Malpighi si sentì particolarmente perseguitato, probabilmente perché uno degli antagonisti, Tommaso Sbaraglia, era legato alla famiglia dei Malpighi da un vecchio e profondo odio nutrito da dissidi su un pezzo di terreno di confine tra le proprietà delle due famiglie.