Tra le opere principali di Manfredi si segnalano le Effemeridi bolognesi, che includevano tabelle dei pianeti, dei satelliti di Giove e di congiunzioni lunari, oltre a tavole e mappe di eclissi solari, e che vennero considerate per molti decenni tra le migliori in Europa.

In questi anni, Manfredi, aiutato anche dalle due sorelle, iniziò una serie di osservazioni per verificare la presenza di spostamenti nelle posizioni delle stelle, che avrebbero consentito di misurare la "parallasse" stellare e confermare, quindi, il moto della Terra intorno al Sole.
A quei tempi, infatti, era ancora dibattuta la questione tra i sistemi eliocentrico e geocentrico.
Nello stesso anno, 1729, nel quale Manfredi pubblicava i suoi primi risultati, l'inglese James Bradley fornì la giusta spiegazione dei piccoli spostamenti osservati, che prese in seguito il nome di "aberrazione annua delle stelle", proprio dal titolo dell'opera di Manfredi, De annuis inerrantium stellarum aberrationibus.

Il fenomeno è dovuto alla combinazione del moto di rivoluzione della Terra con la velocità finita della luce proveniente dalle stelle, che provoca uno spostamento apparente nelle posizioni stellari. Lo stesso fenomeno, molto schematicamente, che ci costringe a inclinare l'ombrello quando corriamo sotto la pioggia, dovendo combinare la nostra velocità con la direzione di caduta della pioggia (Figura a lato).

Due anni dopo, sul primo volume dei Commentarii dell'Accademia delle Scienze, Manfredi pubblicò un trattato di rilevante importanza, confermando per primo la validità delle ipotesi di Bradley, ma, a causa della situazione politica e religiosa locale (Bologna si trovava nello Stato della Chiesa), non poté esprimere esplicitamente un giudizio che lo legasse troppo a quelle spiegazioni di tipo eliocentrico.

Tuttavia, furono queste le prime conferme osservative del moto della Terra intorno al Sole e, infatti, pochi anni più tardi, nel 1757, la "Sacra Congregazione dell'Indice" permise la libera circolazione dei « libri omnes docentes immobilitatem Solis et mobilitatem Terrae ».

Era finita una vicenda che durava da secoli e Manfredi, dalla Specola di Bologna, vi aveva fornito un contributo sostanziale.