Ad aggravare la situazione tecnico-produttiva che caratterizzerà il settore biologico nei prossimi anni, concorrerà sicuramente la necessità di stabilire norme sulla "coesistenza tra agricoltura transgenica e convenzionale", nonché quelle relative alle "soglie di tolleranza di OGM nelle sementi".

Gli (OGM) Organismi Geneticamente Modificati, che sarebbe meglio chiamare "Organismi Transgenici", sono definiti da una Direttiva dell'Unione Europea come "un organismo, diverso da un essere umano, il cui materiale genetico è stato modificato in modo diverso da quanto avviene in natura con l'accoppiamento e/o la ricombinazione genetica naturale". Di fatto, attraverso l'ingegneria genetica è possibile inserire in vegetali geni di animali o di batteri, che determinano la produzione di proteine che conferiscono alla pianta particolari proprietà (resistenza agli insetti, resistenza ai diserbanti, ecc.). Purtroppo, però, non sono ancora state fatte sufficienti indagini epidemiologiche volte a dimostrare la salubrità di questi alimenti, per cui il consumatore italiano è diffidente e secondo le ultime indagini circa il 70% degli intervistati ha dichiarato di non voler mangiare alimenti OGM.

Uno dei vantaggi delle coltivazioni transgeniche è la possibilità di ottenere un raccolto con un minor contenuto di aflatossine, sostanze ritenute molto pericolose per la salute umana, mentre uno dei pericoli maggiori è il rischio di originare inquinamento genetico. Gli attuali OGM hanno, infatti, tutti "transgeni costitutivi", che si esprimono in ogni parte della pianta, anche nel polline.
Per il momento siamo alle prime applicazioni della tecnologia transgenica, per cui il problema si pone solo per la soia e per il mais, che non hanno piante parentali sul nostro territorio. Quando, però, questa tecnologia sarà applicata anche ad altre piante che hanno parentali selvatiche sul nostro territorio, la situazione si farà, per usare un eufemismo, complicata. In particolare, che cosa accadrà? Il polline delle piante transgeniche coltivate andrà a fecondare piante parentali selvatiche non transgeniche, che daranno origine a semi transgenici, che origineranno piante selvatiche transgeniche che si diffonderanno autonomamente sul territorio e potranno andare a fecondare con il loro polline transgenico piante coltivate non transgeniche. In questa situazione sarà impossibile per qualunque coltivatore garantire la completa assenza di materiale transgenico dalla propria produzione, con indubbi svantaggi soprattutto dal punto di vista del prezzo che potrà  essere riconosciuto dal mercato (con ogni probabilità la produzione biologica contaminata dovrà essere venduta sul mercato del convenzionale o, nella peggiore delle ipotesi, su quello del transgenico). A questo punto occorre chiedersi se il produttore biologico sarà disposto ad affrontare il rischio di produrre un bene, quello biologico, che necessita di maggiori costi, nell'incertezza di concretizzare con un maggior prezzo di vendita i risultati produttivi.